到民政部门办理协议离婚签署的是离婚协议书，这个离婚协议书的法律效力是有限的。如果说一方对于协议书所确认的内容反悔，不履行的，那么另外一方不能够要求人民法院直接强制执行，而必须是依据该离婚协议书，重新向人民法院提起离婚诉讼，要求确认自己在离婚协议书上的权利，再经过人民法院审理之后，再出判决书，才能够依据判决书申请强制执行。
而对于第二种协议离婚方式，是指夫妻双方到人民法院经过立案开庭审理，取得法院作出的民事判决书或调解书。民事判决书和调解书的效力比离婚证要高，它既能证明双方已经解除了婚姻关系，同时还能证明夫妻财产的分割和子女抚养的内容。如果一方反悔或不履行的话，另一方有权要求人民法院依据法律文书直接强制执行。
因此，这两种协议离婚的方式相比较的话，对于夫妻双方存在着比较大标的财产分割的情况下，显然适合到人民法院办理可以更好的防范财产风险。两种方式办理的费用和时间都差不多，甚至通过法院更经济，因为法院出具的裁判文书可以作为房产、车辆等财产的过户依据，而离婚协议一般还需要经过公证手续，费时费力费钱。一般通过法院协议离婚费用为50元人民币，一星期内可以办理完毕。另外，夫妻双方的户口均不在上海的情况下，到法院办理的话，可以避免两人再回到外地办理，省时间省精力省费用。
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