夫妻分割存在于有限公司的财产的存在诸多难点：
分割夫妻在公司中财产问题，涉及到公司的全部净资产及债权、 债务的清算。夫妻生产、经营性财产一旦作为公司的出资，便与公司
财产混同，成为一个整体的公司财产，并因公司的运作而产生了公司 的盈亏。在夫妻关系终止后、公司解散或清算前，很难分清在公司财
产的总构成中到底有多少属于有待分割的夫妻财产。只有对公司进行清算或对公司资产、负债进行审计，才能界定两者的区别。
在确定了夫妻共同财产的范围及数额后，需要将其从公司财产中剥离出来，使夫妻财产便于分割。但夫妻共同财产作为公司的出资
入股，因相关法律的规定，往往不便于直接分割。因为公司法规定股 东不能抽回投资。但若直接分割经营公司一方在企业中所占的股权，
又受到公司法关于转让股权诸多条件的制约。
在夫妻财产分割中，常常涉及到对证据的认定问题。由于公司财 产较多，负责经营的一方往往会转移财产，或者使公司“遗留”大量债
务，并提供大量证据，有的包括法院的判决书或调解书等，都需要详细核实。
现实案件中，离婚前公司运作往往以一人为主，另一方离婚后得到了股份但对公司运作不了解，甚至因一方设置人为障碍而无法了解公司情况，因而难以保障实质性的股东权益。有限公司虽然是资合公司，但在以自然人发起设立的公司中人合的因素往往起到了关键性的作用，夫妻离婚后这种人合因素对其中的一方有很不利的影响，在仅有夫妻二人为股东的公司及以家属成员组成的公司中这一矛盾尤为突出。
夫妻共有股权的认定
对于在婚前由男女双方共同投资取得的股权，婚后可以转化为夫
妻共同股权。根据新《婚姻法》规定的夫妻共同财产制，即“夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，归夫妻共同所有，双方另有约定的除外”。对于在夫妻关系存续期间使用夫妻双方共同财产取得的股权或者依法继承、受赠的股权（遗嘱或赠与合同中确定只归夫或妻一方的财产除外），应认定为夫妻共同财产。婚前取得股权的股东，在婚后行使股东购买公司扩股的优先购买权，从而取得的配股或增加的股份，属于夫妻共同股权的范围。
夫妻持有公司股份有多种形式：
（1）以夫妻共有财产投资的有限公司，公司股东仅夫妻二人。
（2）以家庭共同财产投资的有限公司，公司股东包括全部家庭成员或家庭部分成员。
（3）以夫妻共有财产与他人共同投资的有限公司。
（4）夫妻接受赠与或继承的公司股份。
分割夫妻在公司的股权时，既要保护离婚当事人的合法权益，也要维护企业的生产发展。无论是何种形式的企业，在分割其所包含的夫妻共同财产时，都将直接或间接影响公司的持续、稳定及相关第三人的权利义务关系。所以应当采取审慎的态度，以尽量不影响企业的正常生产经营，不破坏企业的完整性为原则。
公司的股东只有夫妻二人时，夫妻双方离婚时可通过协商由一方接受夫妻共有的全部公司股份，另一方分得其它夫妻共有财产。
在夫妻之外还有其他股东参股的公司中，夫妻离婚时如改变夫妻在公司中的原持有股份比例有二种情况。一种情况是夫妻双方均为公司股东，离婚时在股份持有比例上需作调整。另一种情况是仅以夫妻中一人的名义作为股东参股，在离婚时夫妻双方对公司股份进行分割。这两种情况下公司股份的处置不仅是夫妻内部的权益分配问题，还涉及到公司其他全体股东的权益。前一种情况属公司股东间的股份转让，夫妻双方协商一致即可进行股份变更。后一种情况属于向股东以外的人转让股份，根据公司法规定应经全体股东过半数同意。其他股东在行使股份转让否决权时受公司法的有条件限制，如因其他股东不同意而使夫妻间的股份不能分割，不同意分割的股东应当购买夫妻间因离婚而分割给不属公司股东的夫妻一方的股份，否则视为同意转让（分割）公司股份。
上述情况均以夫妻离婚时能够协商一致为前提，而更多的情况下夫妻离婚时对公司股份的分割无法协商一致。在这种情况下，可有以下几种处理方案。（1）将公司股份分割给实际掌管公司经营的一方，在其它夫妻共有财产分割时给另一方相当于应得公司股份对价的补偿。（2）夫妻离婚后各自还是作为公司股东，各自持有公司股份。但在股份分割时应对原股份比例进行审查并调整。（3）如夫妻一方原来不属于公司股东，在对夫妻共有股份分割前应征求其他股东的意见，其他股东不同意将公司股份分割（转让）给股东以外的夫妻一方时，不同意分割（转让）的股东应当购买不属股东的夫妻一方应得的股份。该股份买卖所得款项归未取得股份一方所有。如其他股东不购买这一股份应视为同意分割（转让）。（4）对公司进行清算或将公司拍卖，清算后的剩余资产或拍卖所得作为夫妻共有财产分割。